Можно ли выставить электронную счет-фактуру задним числом?

Нет, нельзя. Оператор указывает с точностью до секунды, когда документ был принят и отправлен. Это требование законодательства.
Но есть отдельное разъяснение, которое касается исключительно длящихся услуг. Документ по ним можно отразить датой ранее, чем он был получен.